Durant le IXè siècle les invasions normandes menacent Paris qui doit subir les assauts répétés des Vikings. Ces derniers en font le siège en 885 et la défense dirigée par le Comte Eudes et l'évêque de Paris Gozlin s'organise encore une fois autour de l'île de la Cité.
Celle-ci conserve son rôle de centre religieux et judiciaire tout au long du Moyen-Age. Notre-Dame (dont les travaux ont débuté en 1163 sous l'égide de l'évêque de Paris, Maurice de Sully, sur un sites déjà sacré à l'époque romaine) et la Sainte Chapelle (édifiée en 1245 sous le règne de St Louis) sont avec la Conciergerie les derniers témoignages du Moyen-Age sur l'île. On peut néanmoins découvrir sur le parvis de Notre-Dame le tracé des rues d'époque. La dalle posée sur le parvis qui permet de fixer les distances séparant les villes de province de la capitale souligne si besoin est encore le rôle de centre historique de l'île de la Cité.

   L'île St-Louis est à l'origine formée de deux îlots: l'île aux vaches (car ce n'était qu'un champ de pâturage) et l'île Notre-Dame où avaient lieu les duels judiciaires durant le Moyen-Age. Ce n'est qu'au XVIIè siècle que les deux îlots fûrent réunis par Marie, entrepreneur général des ponts, avec l'aide de deux financiers: Le Regrattier et Poulletier. A cette époque seigneurs et financiers y font construire leur demeure et on peut y découvrir encore aujourd'hui de splendides Hôtels particuliers. 

L'île d ela Cité en 1540